由深圳华大基因研究院发起，中国科学院昆明动物研究所，中国科学院动物研究所，成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心参与的合作研究成果《大熊猫基因组》于2010年1月21日以封面故事发表于《nature》杂志。该项目启动于2008年3月，得到了国家林业总局，深圳市政府和盐田区政府及相关企业的支持。

本研究是全球第一个完全使用新一代合成法测序技术完成的基因组序列图，全部组装和分析软件都是深圳华大基因研究院自主编写的，该成果证明了短序列也能组装成完整基因组，并将成为基因组绘图的国际标准，集中体现了中国的科技竞争力和中国科学家的创新能力。

研究表明，大熊猫有21对染色体，基因组大小为2.4G，重复序列含量36%,基因2万多个。尽管大熊猫种群的数量据估计仅为2500只，测序研究表明大熊猫基因组仍然具备很高的杂合率，从而推断具有较高的遗传多态性，不会濒于灭绝。该研究成果填补了大熊猫基因组及分子生物学研究的空白，将从基因组学的层面上为大熊猫这种濒危物种的保护、疾病的监控及其人工繁殖提供科学依据，并为保护我国其他一级保护动物提供范例。

据了解，“大熊猫基因组”是华大基因一项新计划的前奏。近日，华大基因同时对外宣布，启动----“1000种动植物基因组计划”，于未来2年内为1千种重要动植物进行测序，并从科学界征集测序物种的提案。由国际专家组成的委员会将从各地研究者的提案中挑选测序物种，评选条件包括物种的重要性，申请人的匹配资金状况，项目的科学水平，以及实验设计。该委员会将根据各种情况建议相关的测序方法，并且界定参考基因组的标准。

华大基因科技合作部李卓表示：“该项目将为被测序物种的各种研究提供可靠的基础，比如同一物种各种品系的基因组学研究、表观基因组学和转录组学研究等。另外，世界各地、各领域的科学家们可以利用这些公开数据来培育高产的粮食作物品种和优质的畜牧品种。”